最近CELL杂志发表了一篇在植物中大规模检测蛋白互作的文章，介绍了检测的方法以及发布了数据库。文章的题目是“APan-plantProteinComplexMapRevealsDeepConservationandNovelAssemblies”。数据库的地址是：。

但对小麦来说，用起来不是特别友好。小麦基因的ID并不是我们常用的参考基因组ID，甚至需要通过水稻基因的ID对应过来。为了使用起来更方便，我们将该研究中使用的小麦基因id转换成了我们常用的中国春的基因id。具体是版本的注释ID，如。严格来说，是转录本ID，而去掉“.1”之后的ID才是基因ID，TraesCS6D02G084800。小麦多组学网站上线了很多在线的查询小工具，有的需要输入转录本ID，有的需要输入基因ID，有的是转录本ID；有的是1.0版本的ID，有的是2.0版本的ID。需要大家在使用过程中注意根据示例使用。

网址是，入口如下图所示。输入的格式是1.1版本的转录本ID，如。


结果页面如下图所示，需要注意的是，结果中将小麦3个部分同源基因放在一组中。蛋白互作的可信度有Scores一栏的值（0~1）进行评价，越接近于1，结果越可信。


是不是很美好，蛋白互作动动手指，几秒就能获得。

然而，希望是美好的，现实是残酷的。很多文章中已发表的蛋白互作在这个数据里却查不到。

查的越多，心里越凉。是什么原因呢？

第二，从概率方面考虑。以小麦4万个基因（部分同源基因不算在内）为例，一共有多少种蛋白互作的可能呢，更何况一个蛋白可能有与其它N个蛋白形成复合体，不同阶段其互作的蛋白也可能不同。数据库仅仅包含了三百多万个互作，只占了很小很小一部分。在这种情况下，越是互作蛋白多的基因越容易检测到互作。

第三，系统有“缺陷”。这句话没有任何事实根据，是瞎说。这个检测系统有没有偏好性？

第四，考虑到准确性，数据库只收录了在多个物种中同时检测到的蛋白互作。那些在不同物种间功能不保守的蛋白也可能就漏掉了。

最后列出来，小麦的质谱数据，欢迎有能力的同志进行分析。