基
因
组
ATHENA(拟南芥蛋白,转录本表达图
谱)
Metascape(基因或蛋白质列表进行注释和富集等分析的在线工具)
Bioinformatics(作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据)
Phytozome(植物比较基因组学资源)
Planteome(集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台,可以搜索植物的器官结构、不同发育时期的信息)
Gramene(用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台)
PlantGDB(植物基因组序列数据库)
PGSB(植物基因组数据库)
AthaMap(拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库)
RiceGE(水稻功能基因组表达数据库)
NBRP-Rice(水稻遗传学和基因组学数据库)
IWGSC(小麦基因组信息数据库)
(大麦基因组资源平台)
::::::
JCVI(玉米基因组数据库)
MaizeGDB(玉米基因组和遗传分析平台)
Panzea(玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库)
SoyBase(大豆基因组学和分子生物学数据库)
CottonGen(棉花基因组学,遗传学和育种数据库)
TomatoFunctionalGenonmics(番茄功能基因组数据库)
TomatoNet(番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台)
SGN(茄科物种基因组测序数据库)
TropgeneDB(管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库)
MedicinalPlant(药用植物基因组和代谢组资源库)
SIFGD(谷子功能基因组学数据库)
WheatNet(面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库)
EasyGo(提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息)
NGSsRNATools{二代测序(NGS)数据库,包括植物的RNA和基因组信息资源}
蛋
白
类
ProteomicsDB(拟南芥蛋白组学信息)
SMART(蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具)
MPIC(植物线粒体蛋白运输元件数据库)
FAT-PTM(用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库)
Plprot(拟南芥质体蛋白数据库)
WheatProteome(小麦蛋白质组数据库)
UniProt(蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台)
MapMan(适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架)
PPDB(拟南芥和玉米蛋白质组数据库)
R
N
A
类
miRBase(生物microRNA数据库)
PMRD(植物microRNA数据库)
CSRDB(谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库)
PlantcircBase(植物CircularRNAs数据库)
PNRD(植物非编码RNA数据)
PLncDB(植物长链非编码RNA数据库)
ArabidopsisRootCellAtlas(拟南芥根部单细胞RNA测序数据库)
pssRNAit(通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAisiRNA)
突
变
体
库
T-DNAExpress(拟南芥基因定位工具)
T-DNAPrimerDesign(拟南芥T-DNA突变体引物设计)
SIGnAL(拟南芥突变体库)
GABI-Kat{拟南芥的基于侧翼序列标签(FST)的T-DNA插入突变体查找库}
RARGE(拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库)
URGI(水稻T-DNA插入突变数据库)
RiceTos17InsertionMutant(水稻逆转座子Tos17插入突变数据库)
RMD(水稻突变体数据库)
Arashare(国内突变体购买突变体库)
蛋
白
互
作
BioGRID(蛋白质-蛋白质互作)
IntAct(蛋白质-蛋白质互作)
/intact
Reactome(蛋白质-蛋白质互作)
SGD(蛋白质-蛋白质互作)
STRING(蛋白质-蛋白质互作)
启
动
子
PlantCARE(植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库)
PPDB(植物启动子数据库)
PlantPAN(ChIP-seq研究利器,一个全新的启动子分析网站)
(启动子预测网站)
cNLSMapper(核定位信号)
基
因
编
辑
CRISPR-GE(基因编辑工具包)
PlantGenomeEditing(植物基因编辑数据库,收集CRISPR/Cas9技术产生植物的信息)
CRISPR-P(用于植物基因组编辑的改进的CRISPR/Cas9工具包)
FED(基因组编辑外源成分检测平台)
转
录
组
TraVA(基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库)
ATRM(拟南芥转录调控图谱数据库)
GENEVESTIGATOR(转录组数据挖掘比对云平台)
定
位
共
表
达
SUBA(拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库)
TargetP(亚细胞定位/N端功能肽预测)
ACT(拟南芥共表达分析工具)
RiceFREND(水稻基因共表达数据库)
水
稻
数
据
库
Rapdbjp(粳稻日本晴基因组注释计划)
RiceGenomeAnnotation(粳稻日本晴基因组注释计划)
REDB(水稻EST数据库)
RICD(籼稻cDNA数据库)
OryGenesDB(用于水稻反向遗传学研究的交互式工具)
发
育
相
关
SeedGenesProject(拟南芥发育关键基因数据库)
PRGdb(植物抗病R基因数据库)
MetacCrop(作物代谢途径数据库)
ThePlantOrganellesDatabase(植物器官研究数据库)
DRASTIC(植物细胞的信号转导分析数据库)
PathoPlant(植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库)
MetaCrop(农作物当中的生化途径及酶)
序
列
分
子
HarvEST(作物EST序列及相关分子信息数据平台)
agriGO(GO分析工具包和数据库综合平台)
AraQTL{基于Web的用于表达定量性状位点(eQTL)研究的工作台和数据库}
PlantTFDB(植物转录因子数据库)
EST(作物EST数据库)
PLACE(植物顺式调控DNA元件数据库)
PAMDB(植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站)
综
合
类
ExPASy(生物信息学研究数据库)
AgBioData(农业生物数据库和相关资源综合平台)
URGI(针对有农学意义的植物研究生物信息平台)
ATTED-II(基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库)
TRY(植物性状全球数据库)
ILDIS(国际豆科植物数据库和信息服务)
GabiPD(马铃薯生物信息数据库)
VitisGDB(葡萄育种和遗传信息综合数据库)
GenAlEx(群体遗传分析软件)
BAR(植物生物学分析工具平台)
Gcornplant(基因同源与进化)
DSDecode(基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具)
STAG-CNS(一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具)
GeneCloud(使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述)
基
因
网
络
Cytoscape(生物网络的可视化工具)
NAViGaTOR(生物网络的可视化工具)
Pathview{支持多组学数据映射(基因/蛋白-代谢)}
AraNet(拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库)
SCI
辅
写
工
具
AI写作助手(SCI写作辅助工具)
StyleWriter(SCI写作辅助工具,软件,需安装)
WhiteSmoke(SCI写作辅助工具)
1Checker(易改)(SCI写作辅助工具)
ProWritingAid(SCI写作辅助工具)
WordHippo(SCI写作辅助工具)
选
刊
神
器
Jane(预测文章投稿网站)
JournalFinder(选刊神器)
JournalSuggester(选刊神器)
journalGuide(选刊神器)
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编辑|俞晓峰韦佳欣
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